Trường THCS thị trấn Phú Xuyên được thành lập năm 1957 với tên gọi ban đầu Trường cấp II Quốc Lập huyện Phú Xuyên. Sau đó hợp nhất thành trường phổ thông cơ sở Liên Hòa và nay là trường trung học cơ sở Thị trấn Phú Xuyên. Để trở thành trường đạt chuẩn Quốc gia, Thầy và trò nhà trường đã không ngừng nỗ lực phấn đấu, đầu tư cơ sở vật chất, nâng cao chất lượng đội ngũ giáo viên, xây dựng và quyết tâm thực hiện các tiêu chuẩn trường đạt chuẩn Quốc gia.
Với diện tích 8.867m2, trường có 16 phòng học kiên cố, 6 phòng học bộ môn, 5 phòng học chức năng, khu hành chính và các phòng sinh hoạt chung, vệ sinh, sân chơi đáp ứng yêu cầu. Nhà trường có 26 giáo viên đều đạt chuẩn và trên chuẩn. Trong 2 năm học 2014-2015 và 2015-2016, nhà trường có 12 giáo viên đạt giáo viên giỏi cấp huyện. 100% giáo viên trong trường đều có sáng kiến kinh nghiệm, nhiều sáng kiến được xếp loại B và C cấp thành phố.
Hiện nay, trường THCS thị trấn Phú Xuyên có 14 lớp với trên 500 học sinh. Tỷ lệ học sinh giỏi, khá của trường mỗi năm đều tăng. Năm học 2015-2016, tỷ lệ học sinh lớp 9 thi đỗ vào các trường THPT công lập đạt 80%. Trường có 151 học sinh giỏi cấp huyện, 4 học sinh giỏi cấp thành phố. Ngoài những tiêu chuẩn về chất lượng đội ngũ giáo viên, chất lượng giáo dục, công tác xã hội hóa giáo dục cũng được các nhà hảo tâm, phụ huynh của trường quan tâm ủng hộ, đáp ứng đủ các tiêu chí của trường đạt chuẩn Quốc gia do Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định.
Phát huy những thành tích đã đạt được trong những năm qua, thầy và trò trường THCS thị trấn Phú Xuyên phấn đấu thực hiện thắng lợi nhiệm vụ năm học 2016-2017 và những năm tiếp theo; từng bước nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện cho học sinh để xứng đáng với truyền thống của nhà trường và sự chăm lo của Đảng bộ và nhân dân thị trấn.